Флаг Молдавской Автономной Советской Социалистической Республики был утвержден в 1925 году, когда съезд Советов Украины 10 мая одобрил Конституцию Молдавской АССР. Таким образом, в статье VII статьи 48 Конституции предусматривается, что: «Молдавская АССР имеет свои государственные герб и флаг, установленные Центральным исполнительным комитетом Молдовы и утвержденный Центральным исполнительным комитетом Украины». 4 сентября 1925 года Президиум Центрального исполнительного комитета Молдавской АССР обсудил вопрос «конкурса на разработку герба и флага и его жюри в составе представителей высших партийных органов и органов власти Республики». 21 сентября 1925 года Президиум Центрального исполнительного комитета во главе с И. Н. Чиором-Яначи возобновил «рассмотрение государственного герба и флага Молдавской АССР». Что касается флага, Президиум решил, что:
После этого 19 октября 1925 года Центральный исполнительный комитет Молдавской АССР принял проекты государственного герба и флага Молдавской АССР.
6 января 1938 года на 7-ом внеочередном съезде Советов Молдавской АССР была принята вторая Молдавская Конституция, причем флаг описывался так:
«Молдавский» текст был написан с использованием латинского алфавита. Несколько месяцев спустя в том же году флаг изменился, поскольку «молдавские» названия были написаны с использованием кириллицы.
Флаг вышел из употребления 2 августа 1940 года, когда Молдавская АССР была упразднена, а ее территория была разделена между вновь созданной Молдавской Советской Социалистической Республикой и Украинской Советской Социалистической Республикой.